Die Menschheit wird in ferner Zukunft von außerirdischen Cyborgs bedroht, den Strogg. Das Spiel setzt dort ein, wo das Militär einen Großangriff auf den Heimatplaneten der Strogg startet. Nach einem Absturz wurde der Spieler von seiner Mannschaft getrennt. Aus diesem Grund hält er sich allein im gegnerischen Areal auf. Durch die Kommandozentrale, mit der er verbunden ist, erhält der Spieler unterschiedliche Aufträge: Datenbeschaffung, Zielmarkierung von Luftangriffen, Sabotage und die Vernichtung Stroggs. Im Verlaufe des Spiels erkundet der Spieler diverse Einrichtungen der Strogg (Industriegebiete, Militärstützpunkte, Gefängnisse, Fabriken zur Verarbeitung von Menschen und den Palast des Strogg-Herrschers).
Einzelspieler Modus
Im Spielverlauf des Einzelspieler Modus nimmt der Spieler die Rolle des Protagonisten Ranger ein. Dieser wird durch ein Portal geschickt, um eine dämonische Macht, die mit dem Codenamen Quake bezeichnet wird, zu bekämpfen. Die Regierung experimentierte in Vergangenheit mit der Teleportationstechnologie und entwickelte einen funktionierenden Prototypen namens “Slipgate”. Das geheimnisvolle Quake kompromittierte diese Teleportation, indem es das Slipgate mit seinem eigenen Teleportationssystem verband und es benutzte, um Todeskommandos in die “menschliche” Dimension zu versenden. Die kriegerischen Fähigkeiten der Menschheit sollten auf den Prüfstand. Die Todeskommandos überfielen die militärischen Basen und erledigten alle Besatzungsmitglieder.
Protagonist Ranger
Der einzige überlebende Protagonist in “Operation Counterstrike” ist Ranger. Ranger ist gezwungen, in die Offensive zu gehen, um die Invasion auf die Erde zu unterbinden und die menschliche Dimension frei von Todeskommandos zu halten. Er startet jede der vier Episoden von einer menschlichen Militärbasis aus, bevor er sich seinen Weg in andere Dimensionen erkämpft und sie über das Slipgate-Portal erreicht. Nach dem Durchgang durch das Slipgate Portal muss Ranger vier magische Runen aus vier Dimensionen von Quake sammeln. Diese sind der Schlüssel zum Bezwingen des Feindes Shub-Niggurath und zum Stoppen der Invasion auf die Erde.
Die 30 Karten
Die Einzelspieler-Kampagne besteht aus 30 separaten Ebenen oder “Karten”. Diese sind in vier Episoden (mit insgesamt 26 regulären Karten und vier geheimen) unterteilt, sowie eine Hub-Ebene, um eine Schwierigkeitsstufe und Episode sowie die Ebene des Endgegners auszuwählen. Jede Episode repräsentiert individuelle Dimensionen, die der Spieler über magische Portale (im Gegensatz zum technologischen Slipgate-Portal) erreichen kann. Diese werden erst im Laufe des Spiels entdeckt. Die verschiedenen Umgebungen und Reiche bestehen aus einer Reihe von gotischen, mittelalterlichen und lavagefüllten Höhlen und Kerkern. Mit Pentagrammen und Bilder von Dämonen an den Wänden erinnert dieses Thema an Doom. Der Cthulhu-Mythos, der durch H. P. Lovecraft bekannt wurde, beeinflusste das Spiel Quake, und auch das Logo, sehr. Dies wird vor allem durch die Gestaltung der Monster, der archaischen und fremdartigen Architektur und der Namensgebung der Level sichtbar. Dimensional Shamblers erscheinen als Feinde, diese heißen „Formless Spawn of Tsathoggua”.
Der Endgegner der ersten Episode heißt Chthon, und der letzte Endgegner heißt Shub-Niggurath. Einige Level haben Lovecraft-typische Namen, wie die „Vaults of Zin“ und „The Nameless City“. Darüber hinaus sind auch sechs Stufen, die ausschließlich für Multiplayer-Deathmatch ausgelegt waren, enthalten. Ursprünglich sollte das Spiel mehr Lovecraft-Endgegner beinhalten, aber dieses Konzept wurde aufgrund von zeitlichen Einschränkungen verworfen.