Das Spiel, das in vier Episoden aufgeteilt ist, beginnt immer in einem jeweils anderen Teil der Basis. Sobald du am Ende der recht einfachen Start-Level angelangt bist, gibt es Teleporter, die dich in ferne Dimension bringen, wo du den Rest der jeweiligen Episode verbringst. Deine Aufgabe in den einzelnen Level ist nicht nur das Kämpfen, sondern auch Schalter- und Schlüsselrätsel zu lösen. Du musst fliehen und zudem den rechten Weg durch das Labyrinth finden. Jeder Spielabschnitt enthält zahlreiche geheime Räume.
Es gibt für jede Episode Geheimlevel, die du zunächst einmal entdecken musst. Mit höherem Level wird es immer schwieriger. Das heißt, dass die Fallen besser versteckt sind, die Gegner stärker werden und es mehr von ihnen gibt. Am Ende einer jeden Episode gibt es jeweils einen besonders heftigen Kampf, zum Teil mit Endgegner. Ganz zum Schluss des Spiels besteht deine Aufgabe darin, Shub-Niggurath zu besiegen. Über die Handlung informieren wir euch im nächsten Artikel.
Mehrspielermodus
Im Mehrspieler-Modus lässt sich Quake über ein Netzwerk sowie im Internet mit anderen zusammen (Kooperationsmodus) oder gegen andere Spieler spielen. Wenn Spieler im Mehrspieler-Modus sterben, können sie sofort erstehen, verlieren aber alle zuvor gesammelten Gegenstände. Zu den beliebtesten Mehrspieler-Modi gehören alle Formen von Deathmatch. Das Spielziel beim Deathmatch ist es, durch das Töten von anderen Spielern möglichst viele Punkte (Frags/Kills) zu erreichen. Beim Standard Deathmatch, bzw. Free for All (Jeder gegen Jeden), versucht jeder Spieler gegen die übrigen zu gewinnen.
1-on-1 Deathmatches werden in dieser Variation duel (Duell) oder auch tourney (Turnier) genannt. Sie werden als Zweikämpfe ausgeführt. Anders als beim Deathmatch mit vielen Spielern geht es bei duels um die Taktik. Es ist hier hilfreich, wenn hier beide Spieler die jeweilige Umgebung sehr gut kennen. Nur so können sie herausfinden, wo sich der Gegner aufhält, wodurch sich seine Handlungen im Voraus einschätzen lassen und die eigene Taktik entsprechend angepasst werden kann. Beim Team Deathmatch treten mindestens zwei Teams (Clans) gegeneinander an. Die Frags, die jeder einzelne Spieler erzielt hat, werden für das Team zusammengezählt. Es ist beim Team Deathmatch besonders wichtig, auf strategisch wichtige Bereiche zu achten. Hierzu gehören unter anderem Waffenstandorte und Power-ups.
Vorreiter des E-Sport und weiterer Spielmodi
Mehrspielerturniere gab es bereits vor Quake, aber Quake hatte einen großen Einfluss auf die Entwicklung des E-Sports. Einer der Entwickler des Spiels, John Carmack, hat seinen Ferrari als Preis für den Sieger des 1997 von Microsoft gesponserten Turniers ausgewählt. Das Interesse der Öffentlichkeit wurde durch diesen Preis erweckt. Das schaffte zuvor kein Computerspiel in dem Ausmaß. Dennis Fong (Tresh) gewann das Turnier.
Seit Dezember 1996 gibt es auch einen separaten Mehrspieler-Client namens QuakeWorld. QuakeWorld löste den ersten großen Boom des Internet-Mehrspielermodus im Egoshooter-Genre aus. Neben einer wachsenden Anzahl von Deathmatch Karten entwickelten die Spieler noch eine Reihe neuer Spielmodi für Quake. Viele von diesen wurden in darauffolgenden Egoshootern übernommen, so zum Beispiel klassenbasierte Team Fortress und Capture the Flag. 1999 wurde der Quelltext durch die Entwickler veröffentlicht. Dadurch erfuhr QuakeWorld einen neuen Boom: Berühmte Projekte wie FuhQuake und moreQuakeWorld brachten neuere Technologien und viele Detailverbesserungen. EzQuake ist momentan der fortschrittlichste QuakeWorld-Client.